1851 wurde Marktl zu einer selbständigen Pfarrei erhoben
Geburtsort von Papst Benedikt XVI.
Marktl wurde im 13. Jahrhundert als Hofmark der Grafen von Leonberg gegründet. Seit 1386 hatten die Wittelsbacher die Ortsherrschaft inne. Herzog Heinrich XVI. von Bayern-Landshut verlieh dem Ort 1422 Marktprivilegien. Marktl war Pflegamt und gehörte zum Rentamt Burghausen des späteren Kurfürstentums Bayern.
Bis zur Aufhebung der Selbstverwaltung 1808 besass es ein Marktgericht mit magistratischen Eigenrechten. 1818 wurde die heutige politische Gemeinde gegründet. 1851 wurde Marktl zu einer selbständigen Pfarrei erhoben. Seit 1871 hat es einen Bahnhof an der Eisenbahnlinie München – Simbach. Am 3. Oktober desselben Jahres wurde die Freiwillige Feuerwehr Marktl gegründet. Seit 1919 ist der Ort durch die Errichtung eines Wasserschutzdammes gegen die häufigen Überschwemmungen des Inns geschützt. Am 1. Januar 1970 wurden Teile der bis dahin selbstständigen Gemeinde Schützing und am 1. Januar 1972 die Gemeinde Marktlberg nach Marktl eingemeindet.
Die Verwaltungsgemeinschaft Marktls mit Stammham besteht seit der Gemeindegebietsreform am 1. Mai 1978. 1989 wurde der Autobahnanschluss an die A 94 fertiggestellt.
Am 13. Juli 1997 wurde Joseph Kardinal Ratzinger, der spätere Papst Benedikt XVI., zum Ehrenbürger der Gemeinde Marktl ernannt. Nach seiner Papstwahl im April 2005 und dem Bekanntwerden von Marktl als Geburtsort herrschte in dem kleinen Ort eine Art Ausnahmezustand. Zahlreiche Journalisten und Besucher aus aller Welt strömten nach Marktl und wollten das Geburtshaus von Joseph Ratzinger sehen. Dort ist eine Gedenktafel angebracht. Insgesamt lebte Ratzinger aber nur zwei Jahre in Marktl; am 11. Juli 1929 zog die Familie nach Tittmoning an der Salzach. Am 11. September 2006 besuchte Papst Benedikt XVI. im Rahmen seines Besuches in Bayern auch seinen Geburtsort und trug sich dort in das Goldene Buch des Ortes ein.
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